Enseignements du M1

SEMESTRE 1

3 UE obligatoires communes à tous les parcours du master + 2 UE obligatoires communes à plusieurs parcours + 1 UE obligatoire spécifique à CEPAGE.

• Evolution. 5 ECTS. Un questionnaire d’évaluation portant sur une compréhension suffisante des mécanismes généraux de l’évolution et de la génétique formelle classique sera proposé en début de semestre. Sur la base des résultats à ce test, du cursus de l’étudiant-e en L, de ses notes et de son projet personnel, l’accès à une des 2 UE suivantes sera proposé afin de maximiser les chances de succès:
  • Evolution: concepts (HMBE103).
    Descriptif: L’enseignement fournit des bases solides en biologie évolutive, permettant d’aborder sous un angle évolutif, les différentes problématiques posées au cours du cursus. Il débute par une approche d’histoire des sciences (de l’Antiquité à nos jours), déclinant les principaux arguments prouvant l’évolution biologique, le cheminement de la pensée évolutionniste, les grands débats et controverses, ainsi que les relations entre la biologie évolutive et les autres disciplines (paléontologie, embryologie, écologie, biologie de la conservation, santé etc). Il s’attache ensuite à décrire la structure génétique des populations et à étudier les forces qui la font varier : grands mécanismes de l’évolution (mutation, migration, sélection, dérive) et régimes de reproduction. L’enseignement replace enfin l’évolution dans le contexte des interactions entre les êtres vivants : liens avec la dynamique des populations, course aux armements, co-évolution etc.
  • OU Evolution: approfondissement (HMBE104).
    Descriptif: Cette UE s’intéresse principalement à la variation de caractères sous l’action des forces évolutives que sont la sélection, la dérive génétique, la mutation et la migration, ainsi que l’influence d’autres paramètres sur l’évolution de ces caractères (systèmes de reproduction, taille efficace,…). Elle est articulée autour d’approches (i) de génétique des populations qui s’intéresse à des caractères discrets souvent qualitatifs, (ii) de génétique quantitative qui s’intéresse pour sa part à des caractères dont la distribution est souvent continue. Ces approches permettent de comprendre l’expression phénotypique et l’évolution des caractères à l’échelle des organismes et des populations et d’appréhender les effets possibles de l’environnement sur ceux-ci. Des notions de base sur, par exemple, les stratégies optimales d’allocation de ressources, la théorie des jeux et l’analyse comparative seront données.

• Biostatistiques. 5 ECTS. Comme pour Evolution, orientation selon la formation antérieure et la maitrise des notions de biostatistique dans une des 2 UE:
  • Bases en traitement de données biologiques (HMBE101M).
    Descriptif: Cette UE s’adresse aux étudiants de M1 n’ayant jamais étudié ou compris les statistiques appliquées à la biologie en licence. Il se propose d’explorer les bases du traitement de données nécessaires à l’analyse des données biologiques. Le cours se décline en plusieurs chapitres : statistique descriptive, élaboration d’un test et prise de décision, corrélation, régression linéaire, ANOVA à un facteur et deux facteurs croisés, ANCOVA. Des TP (sous le logiciel R) et des TD viennent illustrer le cours.
  • OU Traitement avancé des données biologiques (HMBE102M).
    Descriptif à venir.

• Langue. 5 ECTS.
  • Anglais (HMBE10LM)
  • ou éventuellement: Français langue étrangère (HMBE11LM)

• Biosphère: Biogéographie et Macro-écologie. 5 ECTS (HMBE108).
  Descriptif: Comment la biodiversité est-elle répartie sur la terre ? Quels facteurs écologiques, évolutifs et historiques déterminent ces patrons de distribution de la biodiversité ? L’écologie est une composante du système Terre. La répartition de la radiation solaire sur la surface de la planète génère la circulation de l’atmosphère et des océans. En interaction avec la lithosphère, cette circulation globale produit des gradients climatiques et détermine les cycles biogéochimiques. Il en résulte des gradients des facteurs abiotiques du milieu – climat, sol, perturbations tels les incendies – qui sont d’importance cruciale pour comprendre la structure et la dynamique de la biodiversité. Nous examinerons les axes majeurs de variation dans l’espace (gradients latitudinaux) et dans le temps, traitant de l’impact sur la biosphère des cycles climatiques à temps long et des changements planétaires induits par l’Homme.

• Ecologie et sociétés. 5 ECTS (HMBE109).
  Descriptif à venir.

• ORPAM: Outils et méthodes de reconstruction des paléoenvironnements pour M1. 5 ECTS (HMBE117).
  Descriptif: Cette UE commence dès les premières semaines d’enseignement par une école de terrain de 3 jours et se poursuit par un mini stage en laboratoire.
  Sur la thématique générale de l’écologie, de l’écologie historique et de la reconstruction des environnements passés, cette UE est dévolue à la pratique, à l’expérimentation et à la diffusion de l’information scientifique. Toute la chaîne opératoire des recherches est considérée depuis la problématique jusqu’à la diffusion (écrite et orale) et la valorisation des résultats. Les étudiants travaillent en groupe sur un sujet sous la direction d’un enseignant-chercheur ou chercheur de l’équipe pédagogique. Ce dernier sera leur référent chargé de suivre et d’évaluer leur pro-gression tout au long de leur parcours. L’UE s’achève par la rédaction d’un article scientifique de vulgarisation et par une présentation orale des résultats.

SEMESTRE 2.

1 UE obligatoire commune à tous les parcours du master + 2 UE obligatoires communes à plusieurs parcours + 1 UE obligatoire spécifique à CEPAGE +1 UE de valorisation bibliographique + 1 stage de recherche.

• Professionalisation. 2,5 ECTS (HMBE201).
  Programme
  1/ Projet professionnel (PP): quels domaines et filières professionnels, quels employeurs, quels métiers, je veux faire ?
  2/ Bilan de compétences (BC) : Quelles compétences déjà acquises pour mon PP ?
  3/ Projet de formation (PF) : quelles compétences à acquérir pour mon PP ?
  4/ Outils de candidature (TRE : Techniques de Recherche d’Emplois). Noter que cette UE commence au premier semestre.

• Méthodologie d’étude de terrain. 5 ECTS (HMBE218).
  Descriptif: L’UE s’organise sous forme d’une semaine de travail sur site atelier ainsi que de TDs de préparation (un mois avant le terrain). La thématique générale, écologie et fonctionnement des écosystèmes représentatifs de la zone d’étude, est abordée au travers de l’étude d’un gradient environnemental (altitudinal, de perturbation, etc) et mise en relation avec des questions d’aménagement du territoire. Lors des TD préparatoires, les étudiants définissent des ateliers thématiques, posent les hypothèses scientifiques et identifient une stratégie et des protocoles de terrain. Sur le terrain, ils mettent en oeuvre ces protocoles, analysent les données, puis utilisent leurs résultats dans le cadre d’une discussion générale. Exemple d’atelier : dynamique forestière, interactions sol / végétation, qualité et santé environnementale / bioindicateurs, signature de l’anthropisation, cartographie et usage du territoir

• SIG-Outils réseaux. 5 ECTS (HMBE202).
  Descriptif: Initiation aux SIG (théorie et pratique avec le logiciel QGIS) :
  – théorie, prise en main du logiciel, création de données
  – acquisition de données (formats divers, téléchargement, WMS-WFS-WCS)
  – manipulation des systèmes de coordonnées, analyses spatiales
  -connexion à des bases de données
  -mise en page et publication de carte sur le web

• Paléoenvironnements et évolution végétale. 5 ECTS (HMBE205).
  Les objectifs de cette l’UE sont doubles. Il s’agit d’une part de replacer toutes les grandes étapes de l’histoire des végétaux sur Terre depuis la naissance de cette dernière. Ainsi des thématiques telles que l’apparition de la vie, la colonisation des continents, l’apparition des angiospermes, les cycles glaciaires/interglaciaires ou encore la domestication des plantes seront traitées. D’autre part, il s’agit de montrer comment la paléobotanique s’inscrit dans la modernité, que ce soit sur des développements méthodologiques (géochimie, microscopie optique, électronique, à rayonnement X, etc.), sur des modèles de prédictions d’évolution du climat, de gestion des écosystèmes dans le contexte de changement global ou encore sur des développements de biotechnologie. L’UE sera principalement organisée en cours-conférences, chacun effectué par un spécialiste de la thématique. Une sortie terrain (1 journée) sera organisée. Lors de celle-ci, deux sites paléobotaniques très importants de l’Hérault seront illustrés (l’un datant du Paléozoïque et l’autre de la limite Plio-Pléistocène). Le matériel récolté lors de cette sortie sera la base d’une séance de travaux pratique associés au cours de laquelle diverses méthodologies d’étude de matériel paléobotanique (anciens ou récents) seront illustrées.

• Valorisation bibliographique CEPAGE. 2, 5 ECTS (HMBE243).
  L’UE « Valorisation bibliographique » du Master CEPAGE a pour objectifs de permettre aux étudiants (1) d’apprendre à faire une recherche bibliographique et à rédiger une synthèse, et (2) de réaliser une recherche ciblée sur un aspect particulier de leur sujet de stage d’initiation à la recherche (UE HMBE 276). Elle comprend 1 cours de présentation du travail attendu et 14 journées ou demi-journées dédiées aux recherches et à la rédaction d’une synthèse bibliographique.
  Les sujets des recherches bibliographiques sont imposés par l’équipe pédagogique. Ils sont choisis en lien avec le sujet du stage, dans le but d’amener l’étudiant(e) à approfondir une thématique particulière. Les sujets proposés seront accompagnés d’une ou deux publications qui aideront l’étudiant à commencer le travail de recherche bibliographique.

• Stage M1 CEPAGE. 10 ECTS (HMBE276).
  L’UE Stage M1 correspond à un travail de deux mois au sein d’un laboratoire. Sous l’encadrement d’un enseignant-chercheur ou d’un chercheur, l’étudiant sera amené à acquérir des données, à les traiter et à les analyser. Cette UE interviendra à la suite de l’UE Valorisation Bibliographique au cours de laquelle les étudiants auront produit une synthèse bibliographique de leur sujet.
  Des consignes strictes de rédaction seront fournies aux étudiants qui devront écrire un rapport de 15 pages maximum (Introduction, Matériel & Méthodes, Résultats, Discussion, Conclusion et Références incluses). Ce rapport sera relu par deux enseignants-chercheurs ou chercheurs qui devront évaluer le travail effectué par l’étudiant. Une soutenance orale sera organisée au cours de laquelle les étudiants présenteront leur travail et répondront aux questions d’un jury formé par l’équipe pédagogique du Parcours CEPAGE et potentiellement par d’autres intervenants.
• Voir les sujets de stage et de valorisation bibliographique qui ont été proposés en 2015-2016